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yves
tool_db [2014/01/18 07:44]
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-====== データベース ====== 
-^ データベース名|概要|関連論文|担当|調査結果| 
-^ [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​|NCBI]] |Bioinformatics Center | | | | 
-^ [[http://​www.embl-heidelberg.de/​|EMBL]] |Bioinformatics Center | | | | 
-^ [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​entrez/​query.fcgi|PubMed]] |Biomedical literature | | | | 
-^ [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov:​80/​entrez/​query.fcgi?​db=Nucleotide|GenBank]] |Nucleic acid sequence| | | | 
-^ [[http://​srs.ebi.ac.uk/​|SRS at EMBL/​EBI]] |Nucleic acid sequence| | | | 
-^ [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov:​80/​entrez/​query.fcgi?​db=Genome|Entrez Genome]] |Genome sequence | | | | 
-^ [[http://​www.tigr.org/​tdb/​|TIGR database]] |Genome sequence | | | | 
-^ [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov:​80/​entrez/​query.fcgi?​db=Protein|GenBank (protein)]] |Protein sequence | | | | 
-^ [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov:​80/​entrez/​query.fcgi?​db=Protein|SWISS-PROT at ExPASy]] |Protein sequence | | | | 
-^ [[http://​www-nbrf.georgetown.edu/​|PIR]] |Protein sequence |[[http://​pir.georgetown.edu/​pirwww/​aboutpir/​publication.html|http://​pir.georgetown.edu/​pirwww/​aboutpir/​publication.html]] | | | 
-^ [[http://​www.rcsb.org/​pdb/​|Protein Data Bank]] |Protein sequence | | | | 
-^ [[http://​www-nbrf.georgetown.edu/​pirwww/​search/​textresid.html|RESID]] |Post-translational modifications |[[http://​pir.georgetown.edu/​pirwww/​dbinfo/​resid.html|http://​pir.georgetown.edu/​pirwww/​dbinfo/​resid.html]] | | | 
-^ [[http://​www.expasy.ch/​enzyme|ENZYME]] |Biochemical and biophysical information | | | | 
-^ [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​Structure/​|BIND]] |Biochemical and biophysical information | | | | 
-^ [[http://​www.genome.ad.jp/​kegg/​|KEGG]] |Biochemical pathways |[[Introduction to KEGG|http://​www.genome.ad.jp/​kegg/​kegg1.html]] | | | 
-^ [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​entrez/​query.fcgi?​db=OMIM|OMIM]] |Disorders Database | | | | 
-^ [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​LocusLink/​index.html|LocusLink]] |Gene information | | | | 
-^ [[http://​www.pubgene.org/​|PubGene]] |MedLineから自動抽出したヒトイデンッし発現量DB |[[http://​www.nature.com/​nglink/​v28/​n1/​abs/​ng0501_21.html|http://​www.nature.com/​nglink/​v28/​n1/​abs/​ng0501_21.html]] | | | 
-^ [[http://​bioinfo.mbb.yale.edu/​partslist/​|PartsList]] |アミノ酸立体構造予測 |[[http://​nar.oupjournals.org/​cgi/​content/​abstract/​29/​8/​1750|http://​nar.oupjournals.org/​cgi/​content/​abstract/​29/​8/​1750]] | | | 
-^ [[http://​www.ebi.ac.uk/​interpro/​|InterPro]] |プロテオーム関連DB |[[http://​www.ebi.ac.uk/​interpro/​nar_interpro.pdf|http://​www.ebi.ac.uk/​interpro/​nar_interpro.pdf]] | | | 
-^ [[http://​cdna.ims.u-tokyo.ac.jp/​|FullLengthcDNA]] |HumanのFull Length cDNA8000本 | | | | 
-^ [[http://​www.atcc.org/​|ATCC]] |STR(Short Tandem Repeat) and cDNA database | | | | 
-^ [[http://​wdcm.nig.ac.jp/​|World data centre for Microorganisms]] |Microbial database | | | | 
-^ [[http://​wdcm.nig.ac.jp/​wdcm/​JFCC.html|JFCCバクテリア、ウイルス]] |Culture collection | | | | 
-^ [[http://​www.cbs.knaw.nl/​nccb/​|NCCB]] |mutant strains | | | | 
-^ [[http://​srs.ebi.ac.uk/​|SRS]] |EMBLE database search | | | | 
-^ [[http://​www.kazusa.or.jp/​codon/​|Codon Usage Database]] |Database of Codon usages | | | | 
-^ [[http://​www.sanger.ac.uk/​|SANGER]] |Portal site for bioinformatics | | | | 
-^ [[http://​watson.nih.go.jp/​new/​latest.html|genbank updata]] |GenBank Updata information | | | | 
-^ [[http://​snp.ims.u-tokyo.ac.jp/​|JSNPs]] |日本人SNPsDB| | | | 
-^ [[http://​biochem.agr.nagoya-u.ac.jp/​atgenome/​index_noframe.php3|シロイヌナズナデータベース]] |シロイヌナズナゲノムデータベース | | | | 
-^ [[http://​hgrep.ims.u-tokyo.ac.jp/​|HGREP]] |ヒトゲノム再構築プロジェクト | | | | 
-^ [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​SNP|dbSNP]] |NCBIのSNPデータベース| | | | 
  
- 
-====== リンク ====== 
-^ データベース名|概要|関連論文| 
-^ [[http://​www.sfc.keio.ac.jp/​~s98982km/​Bio/​links.htm|DatabaseList]]|ゲノム解析班のデータベースリスト| | 
-^ [[http://​nar.oupjournals.org/​cgi/​content/​full/​30/​1/​1/​GKF114TB1|NAR Database]]|NARデータベース特集| | 
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