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restgenomeanalysisjapanese

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restgenomeanalysisjapanese [2014/08/09 17:05]
haruo
restgenomeanalysisjapanese [2014/12/13 08:09]
haruo
Line 156: Line 156:
   * http://​rest.g-language.org/​NC_000913/​rRNA/​16S (16S rRNAのFEATURE番号を取得する)   * http://​rest.g-language.org/​NC_000913/​rRNA/​16S (16S rRNAのFEATURE番号を取得する)
   * http://​rest.g-language.org/​NC_000913/​get_geneseq/​FEATURE462 (16S rRNAの1つであるFEATURE462の塩基配列を取得する)   * http://​rest.g-language.org/​NC_000913/​get_geneseq/​FEATURE462 (16S rRNAの1つであるFEATURE462の塩基配列を取得する)
 +
 +
 +====== パターン検索 ======
 +塩基配列のパターン検索を実行する関数群[[http://​www.g-language.org/​documentation/​1.9.0/​lib/​G/​Seq/​PatSearch.html|(PatSearch)]]として、[[http://​rest.g-language.org/​help/​oligomer_search|oligomer_search]]関数や[[http://​rest.g-language.org/​help/​palindrome|palindrome]]関数が用意されています。例えば、[[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​Inverted_repeat#​Palindrome_vs._inverted_repeat|inverted repeat]] (5' TTACGnnnnnnCGTAA 3'​)とパリンドローム配列 (5' TTACGCGTAA 3'​)を検索する方法は以下の通りです。
 +
 +大腸菌ゲノム (ecoli) でオリゴマー TTACGCGTAA が存在する位置を調べるには
 +http://​rest.g-language.org/​ecoli/​oligomer_search/​TTACGCGTAA
 +と入力します。出力結果は以下の通りです。
 +  209570,​1164188,​1443204,​1934579,​2167198,​2919269,​4203297
 +
 +inverted repeat: TTACGnnnnnnCGTAA を検索して、位置と配列の両方を表示させるには
 +http://​rest.g-language.org/​ecoli/​oligomer_search/​TTACGnnnnnnCGTAA/​return=both
 +と入力します。出力結果は以下の通りです。
 +  843936,​ttacgaaacagcgtaa,​3112312,​ttacgcacaggcgtaa
 +
 +ヘルプページ (http://​rest.g-language.org/​help/​oligomer_search) にあるように、塩基の縮重コード表記("​grtggngg"​)や正規表現("​g[ag]tgg[a-z]gg"​)を使用できます。
 +
 +プラスミドF (plasmidf) で10bp以上のパリンドローム配列を検索するには
 +http://​rest.g-language.org/​plasmidf/​palindrome/​shortest=10
 +と入力します。
  
  
Line 175: Line 195:
   * [[http://​rest.g-language.org/​ecoli/​*/​before_startcodon/​20]] (全遺伝子の上流20塩基の配列を出力)   * [[http://​rest.g-language.org/​ecoli/​*/​before_startcodon/​20]] (全遺伝子の上流20塩基の配列を出力)
   * http://​rest.g-language.org/​ecoli/​base_relative_entropy (Kullback–Leibler divergenceを計算)   * http://​rest.g-language.org/​ecoli/​base_relative_entropy (Kullback–Leibler divergenceを計算)
 +
  
 ====== DNA複製系の解析 ====== ====== DNA複製系の解析 ======
restgenomeanalysisjapanese.txt · Last modified: 2014/12/13 08:09 by haruo