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restauro_ja [2012/05/28 01:59]
cory
restauro_ja [2014/01/18 07:44] (current)
Line 31: Line 31:
   * http://​rest.g-language.org/​annotation/​GeneID:​93986   * http://​rest.g-language.org/​annotation/​GeneID:​93986
     * GeneID:​93986についての情報を収集し、Tabular形式で取得する。     * GeneID:​93986についての情報を収集し、Tabular形式で取得する。
-  * http://​rest.g-language.org/​annotation/​eco:​b2029/​filter=Structure/​format=rdf +  * http://​rest.g-language.org/​annotation/​eco:​b2029/​filter=Structure/​format=n3 
-    * KEGGのeco:​b2029についてStructureの情報を収集し、RDFフォーマットで取得する。+    * KEGGのeco:​b2029についてStructureの情報を収集し、Notation3フォーマットで取得する。 
 +  * [[http://​rest.g-language.org/​annotation/​MMQESATETISNSSMNQNGMSTLSSQLDAGSRDGRSSGDTSSEVSTVELLHLQQQQALQAARQLLLQQQTSGLKSPKSSDKQRPLQVPVSVAMMTPQVITPQQMQQILQQQVLSPQQLQALLQQQQAVMLQQQQLQEFYKKQQEQLHLQLLQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQHPGKQAKEQQQQQQQQQQLAAQQLVFQQQLLQMQQLQQQQHLLSLQ|http://​rest.g-language.org/​annotation/​MMQESATETISNSSMNQNGMSTLSSQLD...]] 
 +    * アミノ酸配列に関して、候補となるUniProt IDと、それに関する情報のテーブルを取得する。
   * https://​gist.github.com/​1172846   * https://​gist.github.com/​1172846
-    * アミノ酸配列に関する情報をRDFフォーマットで取得するためのPerlスクリプトの例 +    * アミノ酸配列に関して最も配列類似性の高い遺伝子に関する情報をNotation3で取得するPerlスクリプト。
- +
 ===== Usage ===== ===== Usage =====
   * http://​rest.g-language.org/​annotation/​[GENE](/​options...)   * http://​rest.g-language.org/​annotation/​[GENE](/​options...)
Line 47: Line 47:
  
 === Optional Value === === Optional Value ===
 +== GENEが遺伝子IDでも配列でも有効 ==
   * /​format=[Format]   * /​format=[Format]
-    * 出力のフォーマットを指定します指定なしの場合、タブ区切りテキストが返ってきます。 +    * 出力のフォーマットを指定します 
-      * /format=out : タブ区切り+    * 指定なしの場合、ブラウザからのアクセスではHTMLによるテーブル、それ以外ならタブ区切りテキストが返ってきます。 
 +      * /format=txt : タブ区切り
       * /​format=n3 ​ : Notation3       * /​format=n3 ​ : Notation3
       * /format=rdf : RDF       * /format=rdf : RDF
 +      * /​format=html : HTML rich table
   * /​filter=[Filters]   * /​filter=[Filters]
 +    * example: ​ /​filter=GOslim
     * 使用できるフィルタのリストは[[http://​rest.g-language.org/​annotation/​filter_list|ここ]]から利用できます。     * 使用できるフィルタのリストは[[http://​rest.g-language.org/​annotation/​filter_list|ここ]]から利用できます。
     * 指定がない場合はフィルタリングを行わず、取得できるすべての情報を返します。     * 指定がない場合はフィルタリングを行わず、取得できるすべての情報を返します。
-  * /evalue=[1e-70] ​ : このオプションはGENEが配列の場合のみ有効になります。 + 
-  * /​identity=[0.98] : このオプションはGENEが配列の場合のみ有効になります。+== GENEが配列の場合のみ有効 ​== 
 +  * /​evalue=[E-value threshold] 
 +    * default: ​ /​evalue=1e-70 
 +  * /identity=[Identity threshold] 
 +    * default: ​ /identity=0.98
     * "​evalue"​および"​identity"​値はBLATによる配列類似性検索の際のスコアの閾値を指定します。     * "​evalue"​および"​identity"​値はBLATによる配列類似性検索の際のスコアの閾値を指定します。
     * 配列類似性検索では、上記パラメータを用いてSwiss-Protに対して検索を行います。     * 配列類似性検索では、上記パラメータを用いてSwiss-Protに対して検索を行います。
 +  * /direct=0 
 +    * /​direct=1の場合、当該するUniProt IDのうちトップヒットの遺伝子に関する情報を表示します。 
 +    * I'm feeling luckyモード。
 ===== Available Data ===== ===== Available Data =====
   * 入力として受け付けるIDのリスト : http://​rest.g-language.org/​annotation/​input_list   * 入力として受け付けるIDのリスト : http://​rest.g-language.org/​annotation/​input_list
restauro_ja.1338170389.txt.gz · Last modified: 2014/01/18 07:44 (external edit)