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introductiontog-languagejapanese

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introductiontog-languagejapanese [2008/04/14 07:12]
gaou
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Line 739: Line 739:
  
            
-     knoppix@Knoppix:~$ perl test1.pl >out.csv+     unix:~$ perl test1.pl >out.csv
            
  
Line 860: Line 860:
 </​code> ​     </​code> ​    
  
-最後に,得られたデータをグラフにします.G-language GAEでは簡単にグラフを作成することができる_UniMultiGrapher()という関数があるので,これに値を入れて行きます.それぞれ配列の参照の形で,各データのX座標のリスト(上で格納したゲノム中の位置)と,各データのY座標のリスト(上で格納したリーディング鎖のCAI値とラギング鎖のCAI値)を入れるだけです. ​+最後に,得られたデータをグラフにします.G-language GAEでは簡単にグラフを作成することができる**grapher()**という関数があるので,これに値を入れて行きます.それぞれ配列の参照の形で,各データのX座標のリスト(上で格納したゲノム中の位置)と,各データのY座標のリスト(上で格納したリーディング鎖のCAI値とラギング鎖のCAI値)を入れるだけです. ​
  
 <code perl> ​     <code perl> ​    
-     _UniMultiGrapher(\@pos, \@data1, \@data2);+     grapher(\@pos, \@data1, \@data2);
 </​code> ​     </​code> ​    
  
Line 869: Line 869:
  
 <code perl> ​     <code perl> ​    
-     _UniMultiGrapher(\@pos, \@data1, \@data2, -x1=>"​leading",​ -x2=>"​lagging",​+     grapher(\@pos, \@data1, \@data2, -x1=>"​leading",​ -x2=>"​lagging",​
                                          ​-title=>"​caiskew",​ -x=>"​position",​ -y=>"​cai"​);​                                          ​-title=>"​caiskew",​ -x=>"​position",​ -y=>"​cai"​);​
 </​code> ​     </​code> ​    
Line 878: Line 878:
      use G;      use G;
      $eco = new G("​ecoli.gbk",​ "no msg");      $eco = new G("​ecoli.gbk",​ "no msg");
-     ​cai($eco,​ -output=>"/​dev/​null"​);​foreach $cds ($eco->​cds()){+     ​cai($eco,​ -output=>"/​dev/​null"​);​ 
 + 
 +     foreach $cds ($eco->​cds()){
          my $strand = query_strand($eco,​ $eco->​{$cds}->​{start}, ​          my $strand = query_strand($eco,​ $eco->​{$cds}->​{start}, ​
                                                ​-direction=>​$eco->​{$cds}->​{direction});​                                                ​-direction=>​$eco->​{$cds}->​{direction});​
Line 889: Line 891:
          ​push(@data2,​ $cai_lagging);​          ​push(@data2,​ $cai_lagging);​
          ​push(@pos,​ $eco->​{$cds}->​{start});​          ​push(@pos,​ $eco->​{$cds}->​{start});​
-     }_UniMultiGrapher(\@pos, \@data1, \@data2, -x1=>"​leading",​ -x2=>"​lagging",​+     } 
 + 
 +      grapher(\@pos, \@data1, \@data2, -x1=>"​leading",​ -x2=>"​lagging",​
                                         -title=>"​caiskew",​ -x=>"​position",​ -y=>"​cai"​);​                                         -title=>"​caiskew",​ -x=>"​position",​ -y=>"​cai"​);​
 </​code> ​     </​code> ​    
Line 896: Line 900:
  
            
-     knoppix@Knoppix:~$ display graph/​graph.png+     unix:~$ display graph/​graph.png
            
  
introductiontog-languagejapanese.txt · Last modified: 2014/01/18 07:44 (external edit)