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gcskewodysseyenglish [2010/10/01 12:34]
gcskewodysseyenglish [2010/10/01 12:36]
Line 128: Line 128:
   }    } 
 </​code>​ </​code>​
 +====== STEP 4 - Use G::​Messenger API to run all the outputs ======
-====== Step 4. 全ての出力はG::​Messenger APIを使う ====== 
 +There is one more important rule for standard function and that is all output should follow G::​Messenger API. G-language GAE has multiple interfaces for example loading script into compiler, executing command lines, possessing GUI and managing web applications. In each multiple interfaces, common standard functions are running and this is sustained by G::​Messenger API. If some outputs are passed to Messenger, Messenger will indentify which interface user is accessing and puts output to suitable output. Following functions are major functions used in Messenger.
-だいぶここまででも標準関数らしくなってきましたが、もう一つ重要な決まりがあります。それは、全ての出力をG::​Messenger APIを介してやらなければならない、ということです。G-language GAEは多彩なインタフェースを持ちます。プログラム言語としてコンパイラに読ませたり、コマンドラインで実行したり、グラフィカルユーザインタフェースを持ったり、さらにはウェブアプリケーションとしてさえ存在します。しかし、多彩なインタフェースでは全て同じ標準関数のプログラムが動いています。これを可能にするのがG::​Messenger APIです。メソッドがMessengerに出力を渡すと、MessengerはG-language GAEが現在どのインタフェースを使って動いているかを判断し、的確な場所に出力を渡します。 +The function ​msg_send() ​will put output as standard output, synonymous to “print STDOUT” in Perl script. The function ​msg_error() ​will put output as standard error, synonymous to “print STDERR” in Perl script, or system message. The function ​msg_gimv() ​will put output into graph which is synonym to system("​gimv "). This is it for making the GC skew subroutine into standard function.
-Messenger で主に使われる関数は次の通りです。 +
- +
-msg_send() ​--- print STDOUT ​と同義 通常のアウトプットに。 +
-msg_error() ​--- print STDERR ​と同義 エラーやシステムメッセージのアウトプットに。 +
-msg_gimv() ​--- system("​gimv "); と同義 グラフの表示に。 +
-これでgcskew の標準関数化が完了です。+
 <code perl> <code perl>
Line 184: Line 179:
   }    } 
 </​code>​ </​code>​
 +====== STEP 5 - To the higher level ======
-====== Step 5. To the next level ... ======+We demonstrated making the GC skew subroutine into standard function but the standard function gcskew() I G-language GAE is much more refined than demonstration in additional AT skew and some other distinguished technical tuningCheck G-language GAE source code for more detailSome additional information on function standardization is also available on manuals.
 +We welcome any users to join G-language GAE project and user-made standard function is sharable by simply posting e-mail to with subject the name of function and source code as body. Enjoy!
-今回GC skew関数の標準関数化を説明しましたが、実際にG-language GAEに実装されているgcskew() 関数は AT skewもみれるようになっていたりと、汎用性やコードの簡潔さでより徹底した改良がされています。一度ソースコードをみて勉強してみてください。また、マニュアルにはより詳しい標準関数化の仕様について記載されていますので、こちらもじっくりと読んでみてください。 
-今後自分で作った解析メソッドを標準関数化し、G-language GAEに実装する機会が来ると思います。作った標準関数メソッドは、 に、サブジェクトが関数名、本文がソースコード、という形でメールすることで投稿できます。バイオインフォマティックスの未来の為にあなたが貢献する日は明日かもしれませんね。 
gcskewodysseyenglish.txt · Last modified: 2014/01/18 07:44 (external edit)