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bacteriaanalysissystemenglish

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bacteriaanalysissystemenglish [2007/10/01 19:52]
yves
bacteriaanalysissystemenglish [2014/01/18 07:44]
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-====== Overview ====== 
  
- 
-BAS is a collection of perl modules that facilitate the development of perl scripts for bio-informatics applications. This document is a tutorial for BAS. In order to take advantage of BAS, all you have to do is change a few setup. 
- 
-====== How to change a setup ====== 
- 
- 
-Let's take an example. 
-(1) Open the configuration file[BAS.conf] 
-        $ emacs BAS.conf ​ 
-* Following is contents of BAS 
- 
-  ###############################################​ 
-  # Bacteria Analysis System configuration file># 
-  ###############################################​ 
-  #$Id: BAS.conf,v 1.6 2001/09/09 11:53:20 s98982km Exp $ 
-  #scripted by Koya Mori(mory@g-language.org) 
-  #This is a configuration of Bacteria Analysis System 
-    
-  package G::​System::​BAS_conf; ​ 
-    
-  use strict("​var"​); ​ 
-    
-  sub BAS{  
-    my $methods; ​ 
-    
-    $methods= <<'​CONF'; ​ 
-  ​ 
-  ##################################### ​ 
-  #  G instances ​                     #  
-  ##################################### ​ 
-  ​ 
-  gb1 < /​pub/​dnadb/​ncbi/​genbank/​genomes/​bacteria/​Ecoli/​ecoli.gbk ​ 
-      
-  ##################################### ​ 
-  #  CAI                              #  
-  ##################################### ​ 
-    ​ 
-  >​cai ​           N 
-    ​ 
-  G-instance ​     $gb 
-  ​ 
-  -output ​                #[f or stdout] default:"​stdout"​ 
-  ​ 
-  -w_output ​              #[f or stdout] default:"​stdout"​ 
-  ​ 
-  -w_filename ​ 
-     ​. ​ 
-     ​. ​ 
-     ​. ​ 
-    (Abbreviation) ​ 
-     ​. ​ 
-     ​. ​ 
-     . 
-  
-We have 10 classes and 24 methods. 
- 
-  *CAI 
-    *cai 
-  *Codon 
-    *codon_counter 
-    *amino_counter 
-    *codon_usage 
-  *Consensus 
-    *base_counter 
-    *base_information_content 
-    *base_z_value 
-    *base_entropy 
-    *base_relative_entropy 
-    *base_individual_information_matrix 
-  *GCskew 
-    *view_cds 
-    *find_ori_ter 
-    *gcskew 
-    *genomicskew 
-    *cum_gcskew 
-    *gcwin 
-  *Free Energy 
-    *foreach_RNAfold 
-  *Markov 
-    *over_lapping_finder 
-  *Over Lapping Gene 
-    *over_lapping_finder 
-  *Pat Search 
-    *palindrome 
-  *Tandem Repeat 
-    *foreach_tandem 
-    *graphical_LTR_search 
-  *Util 
-    *seq2gif 
-    *genome_map 
- 
-(2) choose an analysis data 
- 
-Default data is Escherichia_coli_K12. If you want to use another data, you have to change [gb1]. Also you can add a variable (ex.[mgen]). 
- 
-* Before 
-    ##################################### ​ 
-    #  G instances ​                     #  
-    ##################################### ​   
-    gb1 < /​pub/​dnadb/​ncbi/​genbank/​genomes/​bacteria/​Ecoli/​ecoli.gbk ​ 
- 
- 
-* After 
-    ##################################### ​ 
-    #  G instances ​                     # 
-    ##################################### ​ 
-  gb1 < /​pub/​dnadb/​ncbi/​genbank/​genomes/​bacteria/​Ecoli/​ecoli.gbk ​ 
-  mgen < /​pub/​dnadb/​ncbi/​genbank/​genomes/​bacteria/​Mgen/​mgen.gbk ​   # add  
- 
-(3) Choose a method 
- 
- 
-This time we use [codon_usage](codon class),for example. 
- 
-・How to use [codon_usage] 
- 
-1、First,​ turn [N] to [Y](this means switch on) and choose the analysis data at [G-instance]. If you want to put a output data into a file, change output option to [f]. You can find the file in [mgen]directory. And if you want to output a graph data, change output option to [g] (the graph is saved into [mgen/​graph]). Default option [show] means show all results including graph and standard output results automatically. 
- 
- 
- 
- 
-^-output |f |(put analysis data into a file) | 
-^ |g |(output a graph analysis data) | 
-^ |show |(show all analysis data automatically) | 
-^-filename |free |(using[-output] option, you can named filename) | 
- 
- 
- 
-* Before 
-  >​codon_usage ​   N  
-  G-instance ​     $gb  
-  -CDSid ​ 
-  -output ​        ​show ​   #[f or g or show] default:"​show" ​ 
-  -filename ​ 
- 
-* After 
-  >​codon_usage ​   Y       # switch on  
-  G-instance ​     gb1     # choose data  
-  -CDSid ​ 
-  -output ​        ​g ​      #[f or g or show] default:"​show" ​ 
-  -filename ​ 
- 
-1. save the file. 
- 
-2. run the BAS 
-          $./​BAS ​ 
- 
-* Follwing is standard output results 
-                 ​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/ ​ 
-      
-                         ​G-language System ​ 
-      
-                  Version: 1.0.0 gamma  
-      
-                  Copyright (C) 2001 G-language Project ​ 
-                  Institute of Advanced Biosciences, ​ 
-                  Keio University, JAPAN  
-      
-                     ​http://​www.g-language.org/ ​ 
-      
-                 ​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/​__/ ​ 
-      
-      Length of Sequence :    816394 ​ 
-               A Content :    249211 (30.53%) ​ 
-               T Content :    240560 (29.47%) ​ 
-               G Content :    163703 (20.05%) ​ 
-               C Content :    162920 (19.96%) ​ 
-                  Others :         0 (0.00%) ​ 
-              AT Content :    59.99% ​ 
-              GC Content :    40.01% ​ 
-                               ​. ​ 
-                               ​. ​ 
-                           ​(Abbreviation) ​ 
-                               ​. ​ 
-                               ​. ​ 
- 
-1. output the graph 
-  $cd mgen/​graph ​ 
-  $ gimp codon_table.gif ​ 
- 
- 
- 
-  *If you want to put analysis data into a file. 
-  *change output option to [f]. 
-  *save the file 
-  *run the BAS. 
-  *output the file 
- 
-  $ cd mgen 
-  $ emacs codon_usage.csv ​ 
- 
-* Following is standard output results 
-  /,​taa,​348,​0.725 ​ 
-  /,​tag,​132,​0.275 ​ 
-  A,​gca,​3759,​0.386 ​ 
-  A,​gcc,​730,​0.075 ​ 
-  A,​gcg,​462,​0.047 ​ 
-  A,​gct,​4799,​0.492 ​ 
-  C,​tgc,​295,​0.203 ​ 
-  C,​tgt,​1160,​0.797 ​ 
-  D,​gac,​1196,​0.139 ​ 
-  D,​gat,​7388,​0.861 ​ 
-      .  
-      .  
-      .  
-   ​(Abbreviation) ​ 
-      .  
-      .  
-      .  
- 
- 
-====== Notes ====== 
- 
- 
-There is difference between [Essential] and [option]. [option] has [-] before option name(ex. -CDSid ), but [Essential] hasn'​t. You must to put variable into [Essential],​ but [option] is not. 
->​codon_usage ​   Y  
-G-instance ​     gb1                                         ## ​ Essential ​ ##  
--CDSid ​                                                      # ​ option ​ #  
--output ​        ​f ​      #[f or g or show] default:"​show" ​    # ​ option ​ #  
--filename ​                                                   #  option ​ #  
- 
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-Written 10 September 2001 - Ryo Hattori 
bacteriaanalysissystemenglish.txt · Last modified: 2014/01/18 07:44 (external edit)